История таможенной службы началась в Российской Империи. В 1865 году был создан Департамент таможенных сборов, исполнявший функции по правлению таможенными учреждениями. Позднее в 1872 году при Морском крейсерстве была основана таможенная флотилия для усиления охраны морской границы на Балтике. В октябре 1893 года пограничная стража была выведена из подчинения начальников Департамента таможенных сборов и таможенных округов, ей присвоили название Отдельного корпуса пограничной стражи, который переводился в непосредственное подчинение Министерства финансов.

После революции положением ВЦИК и СНК о рабочем контроле от 14 ноября 1917 года вводилась государственная торговая монополия на все товары первой необходимости. 22 апреля 1918 года был принят декрет СНК о национализации внешней торговли. Через месяц учреждается пограничная охрана. В июне принят декрет "О переходе Департамента таможенных сборов, Главного управления пограничной охраны и корчемной стражи в ведение Народного комиссариата торговли и промышленности". Департамент таможенных сборов переименовывался в Главное управление таможенного контроля с непосредственным подчинением Народному комиссару торговли и промышленности.