Деятельность ЕврАзЭС охватывает практически все сферы экономического и социально-гуманитарного сотрудничества государств-членов Евразийского сообщества. В числе первых совместных проектов ЕврАзЭС - целевая программа «Инновационные биотехнологии». Программа нацелена на кардинальную модернизацию производства конкурентоспособной продукции и предусматривает разработку и внедрение новых биотехнологий, биопрепаратов, диагностических тест-систем для сельского хозяйства, промышленности, медицины, охраны окружающей среды.