Герб символизирует правый фланг Кавказской линии - системы военных сооружений, созданных при императрице Екатерине II, императорах Павле I, Александре I, Николае I, Александре II для защиты южных рубежей России, ее борьбы против Турции и Персии за Кавказ. В штандарте герба Краснодарского края вместо вензелевого изображения Александра II по понятным причинам дана аббревиатура "РФ". Пернач и бунчуки, будучи знаками власти военачальников у казаков (первый - полковничий знак, второй - более высокого ранга), говорят о самом активном участии казаков, переселившихся на Северный Кавказ, в охране Кавказской линии и в сражениях с турками и персами.
Герб города Краснодара утверждён решением городской Думы Краснодара от 7 июля 2005 г. Он составлен на основе исторического герба города Екатеринодара, утверждённого в 1849 г. 

Изображение на гербе крепостной стены символизирует Екатеринодарскую крепость, открытые ворота - символ дружелюбия и открытости города. Атаманская булава символизирует столицу Черномории, резиденцию атамана Черноморского казачьего войска, бунчуки - символы черноморского казачества. Четыре перекрещивающихся знамени с вензелями императрицы Екатерины II, императоров Павла I, Александра I, Николая I, пожалованные войску императорами на момент принятия герба, символизируют заслуги Черноморского казачьего войска. Золотой вензель императрицы Екатерины II говорит о том, что город был назван Екатеринодаром в ее честь. 59 золотых звезд символизируют количество казачьих станиц в Черноморском казачьем войске в 1849 г. В 1996 г. герб был восстановлен, но без внешних украшений и каймы. В 1999 г. герб был переутвержден вместе с каймой и короной над щитом.