История военно-морского образования в России началась в январе 1701 года, когда Высочайшим Указом «Великий Государь, Царь и Великий Князь Петр Алексеевич» утвердил: «…быть  Математических и Навигацких, то есть мореходных хитростно наук учению». Таким образом было основано первое светское государственное учебное заведение - Школа математических и навигацких наук.

На протяжении следующих трех веков своего существования, учебное заведение претерпевало многочисленные изменения, меняло названия и уставы.

На базе старших классов Навигацкой школы в 1715 году создаётся Морская академия (Академия морской гвардии).

 В 1752 году Морская академия была преобразована в Морской шляхетный кадетский корпус, куда на обучение принимались только дворяне. К 1802 году принцип поступления в Корпус не изменился, но из его название было исключено слово "шляхетный" (от польского szlachetny - "дворянский"). В 1817 году к Корпусу присоединилось Училище корабельной архитектуры.

Дважды - в 1867 и 1891 годах -  училище переименовывалось, а в 1918 году прекратило свою работу. Через несколько месяцев в, в этом же году в Петрограде было объявлено о создании Курсов командного состава флота, которые открылись в здании бывшего Морского училища.

В 1998 году произошло объединение Высшего военно-морского училища имени М. В. Фрунзе и Высшего военно-морского училища подводного плавания имени Ленинского Комсомола. Учебное заведение на набережной Лейтенанта Шмидта получило официальное название "Морской корпус Петра Великого — Санкт-Петербургский военно-морской институт".