В 1998 году завод одним из первых в Российской Федерации получил лицензии на все виды работ в области строительства, переоборудования, модернизации и утилизации кораблей и судов. "Северная верфь" неоднократно подвергалась широкомасштабной реконструкции, в ходе которой был создан целый комплекс уникальных сооружений и производств. За многолетнюю историю на заводе было построено около 400 кораблей и судов различного назначения. Среди них около 170 кораблей для ВМФ России и СССР, оснащённых самыми современными для своего времени системами вооружения.